近日，云南大学省部共建云南生物资源保护与利用国家重点实验室于黎研究员、胡靖扬助理研究员基于目前最大规模的穿山甲群体基因组学数据，并联合穿山甲鳞片的形态学分析，证实了一个新的穿山甲物种的存在，极大地刷新和扩展了目前对穿山甲物种多样性和演化历史的认知。研究结果以“Genomic analysis reveals a cryptic pangolin species”为题，于9月25日发表在国际期刊PNAS上，并立即在国际上引起了广泛关注。9月26日，美国《纽约时报》以“A mystery species was discovered in trafficked pangolin scales”为题进行了报道。

云南大学于黎研究员、胡靖扬助理研究员，香港嘉道理农场暨植物园张华荣博士，北京大学罗述金研究员为论文的共同通讯作者，云南大学谷桐桐博士为论文的第一作者。

穿山甲（pangolin）是世界上非法贸易最严重的野生哺乳动物，所有穿山甲均已被列入IUCN濒危物种红色名录。此前，普遍认为存在8个穿山甲物种（4个亚洲穿山甲：马来穿山甲、中华穿山甲、印度穿山甲和菲律宾穿山甲；4个非洲穿山甲：树穿山甲、长尾穿山甲、大穿山甲和南非穿山甲）。

云南大学于黎研究员团队和香港嘉道理农场暨植物园张华荣博士团队在对云南和香港分别查获的非法贸易的穿山甲鳞片进行分子物种鉴定时，都发现了不同于已知的8个穿山甲物种的新的线粒体单倍型，提示可能存在穿山甲新物种。进一步对所有已知的穿山甲物种和可能的新物种进行了鳞片形态特征比较以及138个个体的群体基因组分析，证实其为新的亚洲穿山甲物种，即世界第九种穿山甲，并将其命名为Manis mysteria（the Asian mysterious pangolin），这距离发现上一个穿山甲物种－－菲律宾穿山甲的发现已过去百年。

研究团队首先通过对这一神秘物种的鳞片的形态特征分析发现其具有典型亚洲穿山甲特征，不具有非洲穿山甲的特征，据此将其归类于亚洲穿山甲（Manis sp.）（图1）。

图1 在查获样品中发现的穿山甲新物种鳞片。图片来源：杨锋（中国香港特别行政区嘉道理农场植物园）。

进一步，研究团队从基因组学视角，开展了系统发育树构建、基因组差异比较、物种划界、基因组分化岛和分歧时间估算等分析（图2），所有结果都支持这一新发现的类群是不同于目前已知的所有八个穿山甲物种的新物种，即世界第九种穿山甲、第五种亚洲穿山甲，该物种早在500多万年前就与菲律宾穿山甲和马来穿山甲分化。种群历史分析发现该物种受更新世冰川作用和近期人类活动的影响，经历了两次瓶颈效应，表现为与已知穿山甲物种不同的进化历史。

由于目前发现的新物种均来自查获的鳞片，提示着新物种与其他穿山甲物种一样，也正在经历着非法狩猎和非法贸易的严重威胁，加速了其种群数量的缩减。确实，基因组特征分析显示，新物种在所有穿山甲物种中呈现出相对较低的遗传多样性，较高水平的近交程度和有害突变积累，也再次提示其种群数量较少，演化潜力低，与其他穿山甲物种一样面临类似的生存困境。因此，迫切需要尽快找到该物种，并制定科学合理的保护措施。虽然目前还不知道它们在哪里分布，研究人员提供了两个可能的分布地，一个是基于研究分析中检测到新物种与中华穿山甲和印度穿山甲之间曾经发生过基因交流，提出了新物种的分布地可能与这两个物种的分布地重叠或相邻；另一个是由于香港和云南查获的亚洲穿山甲主要来自东南亚岛屿，而且新物种又是和其他亚洲穿山甲一起被查获，提出东南亚岛屿也可能是其潜在的分布地（图2）。

图2基于8个已知穿山甲物种和新物种的基因组数据进行的系统发育树构建（A和B）、基因组差异比较（C）、物种界定分析（D）、基因组分化岛分析（E）、群体历史重构（F）、遗传多样性分析（G）、近交水平评估（H）和有害突变评估（I和J）。

该研究得到国家自然科学基金委、云南省教育厅科学研究基金等项目的支持。原文链接：https://doi.org/10.1073/pnas.2304096120

供稿：重点实验室

编辑：李哲 责任编辑：王崴 终审：宁莉